Genomul nuclear este surclasat de genomurile organitelor celulare în raport de 1 la 5.000. Expresia genică nucleară (EGN) este reglată prin căile retrograde de semnalizare (CRS) dinspre organite spre nucleu. Pentru a descifra acest mod de control al EGN s-au folosit cu precădere plante mutante pentru unul din componentele CRS astfel că rămâne încă neclar ce mecanisme intră în acțiune într-o celulă non-mutantă. Aceste mecanisme pot schimba paradigma cu care operăm în mod curent pentru a explica comunicarea organit-nucleu. Pentru a evita problema utilizării acestor mutanți mai puțin informativi propunem utilizarea liniilor isonucleare de porumb, ale căror trăsături agronomice/morfologice sunt direct legate de CRS. Până în prezent însă, niciun studiu nu a folosit tehnologia NGS pentru a secvenția întregul transcriptom al unei linii isonucleare si a avea astfel o privire de ansamblu asupra EGN. În acest context, dorim să ne lansăm în analiza aprofundată a CRS și să folsim cunoștințele dobândite pentru explicarea la nivel molecular a unor trăsături agronomice importante ale porumbului. Vom încerca de asemenea să răspundem întrebării dacă metilarea joacă vreun rol în reglarea EGN în funcție de mediul citoplasmatic înconjurător. În plus, vom investiga dacă polimorfismul exitent la nivelul genomurilor organitelor celulare intervine în acest proces, prin secvențierea acestora în liniile isonucleare incluse în analiza transcriptomică prin NGS.