Mergi la conținut

Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare pentru Științe Biologice

Harmonizing plant metabarcoding pipelines in Europe to support monitoring activities in the field of plants and their functional organismic networks

Descriere

Plantele, prin capacitatea lor autotrofa, reprezinta forta motrice din spatele ecosistemelor terestre. In mod alarmant, doua din cinci specii de plante se confrunta cu disparitia, ceea ce poate afecta si alte organisme. Metoda de ADN metabarcoding la plante, care implica analiza ADN-ului din mediu (eDNA) pentru a identifica taxoni, poate fi standardizata si automatizata, facandu-o potrivita pentru  monitorizare de mare capacitate, la scara larga si pe termen lung. Aceasta tehnica permite efectuarea studilori privind biodiversitatea la o amploare si cu o acuratete care era imposibile anterior. In Europa, initiativele pentru conservarea naturii se bazeaza pe prezenta speciilor, iar speciile indicator formeaza fundamentul procesului decizional in planurile de conservare. Cu toate acestea, partile interesate din sectorul public si privat au nevoie de metode rapide, precise si ieftine pentru a monitoriza biodiversitatea plantelor. Proiectul transnational si transdisciplinar METAPLANTCODE isi propune sa testeze si sa optimizeze studii de caz pan-Europene privind ADN metabarcoding-ul, sa ofere recomandari de buna practica, sa optimizeze metodele de analiza a datelor pentru identificarea speciilor si sa creeze baze de date de referinta usor de utilizat, care sa fie implementate in infrastructurile europene si nationale, in colaborare cu BIOSCAN Europa, comunitatile ELIXIR, etc.. Proiectul va identifica lacunele existente, va publica documente cu cele mai bune practici privind publicarea respectând principiile „FAIR” a datelor obtinute din analizele metabarcoding la plante catre bazele de date GBIF si INSDC si va implementa modele DL multimodale compatibile cu ELIXIR in instrumente noi pentru analize de metabarcoding de sine statatoare, folosind diferite surse de date. De asemenea, proiectul va imbunatati acuratetea identificarii speciilor pe baza de date GBIF si metadate (GBIF, EUNIS, Biolflor, prin date tip secvente ADN, date text, seturi de date cu clasificari taxonomice si analize ecologice) si va cartografia/introduce liste de verificare a plantelor vasculare regionale, nationale si internationale, liste rosii  si flore in Catalogue of Life (COL) prin COL ChecklistBank. In plus, literatura taxonomica si floristica va fi imbogatita semantic cu noi module de recunoastere a entitatilor si extractie a relatiilor pentru a sprijini identificarea imbunatatita a speciilor prin caracteristici descriptive/fenotipice specifice unui domeniu (de exemplu, habitate, trasaturi, caracteristici ale solului, interactiuni biotice). Va fi furnizata o interfata pentru a lega denumirile taxonomice de metode, pentru a identifica omonime si sinonime si pentru a facilita conversia si adnotarea florei, a listelor rosii si a tratamentelor ecologice. Toate produsele METAPLANTCODE vor fi disponibile respectând principiile FAIR+ la sfarsitul proiectului. Proiectul va sprijini inca de la inceput transferul de cunostinte cu partenerii asociati si partile interesate. Partile interesate relevante vor fi identificate, prioritatile determinate, canalele de comunicare stabilite, toate fiind monitorizate si revizuite dupa caz. Vor fi intreprinse eforturi mari de implicare, instruire si informare a partilor interesate pentru a se asigura ca in viitor ADN metabarcoding-ul la plante devine un standard de rutina pentru monitorizarea biodiversitatii in Europa si nu numai.